Так как на основном разделе диска закончилось дисковое пространство, а в системе был второй диск был выполнен перенос данных из директории Elasticsearch в не стандартную. Для этого выполнены следующие шаги:

1. Остановлены сервисы ELK-стека:

sudo systemctl stop elasticsearch.service kibana.service logstash.service

2. Подмонтирован диск и создана партиция (описывать не буду, но если требуется — напишу)

3. Директория для сохранения данных /srv/elastic_data создана и подправлены права

sudo mkdir /srv/elastic_data/
sudo mkdir /srv/elastic_data/logs/
sudo chown elasticsearch.elasticsearch /srv/elastic_data/

4. Данные скопированы в /srv/elastic_data

cp -r --preserve=all /var/lib/elasticsearch/ /srv/elastic_data/

5. В конфиге изменена директория для данных и логов

sudo vim /etc/elasticsearch/elasticsearch.yml

Правка следующая:

path.data: /srv/elastic_data/elasticsearch
path.logs: /srv/elastic_data/elasticsearch/logs

После поочередно запускаем сервисы — я начал с Elasticsearch и через минут 5 запустил остальное, убедившись, что система заработала

sudo systemctl start elasticsearch.service
sudo systemctl start kibana.service
sudo systemctl start logstash.service

В системе вылетел диск, для поиска вылетевшего диска по s/n можно использовать команду

sudo lsblk --nodeps -no name,serial,type,tran

Она его может и не отобразить вообще, если диск вылетел совсем-совсем и не виден в системе

Клонирование одного диска на другой с помощью dd с заполнением проблемных блоков (файлов) нулями

sudo dd conv=noerror,sync if=FROM of=TO bs=4096 status=progress

• FROM — диск источник (откуда копируем)
• TO — диск приемник (куда копируем)

• conv=CONVS convert the file as per the comma separated symbol list

• sync pad every input block with NULs to ibs-size; when used with block or unblock, pad with spaces rather than NULs

• noerror continue after read errors

У одного из пользователей на VDS при распаковке архива указывало, что не хватает места на сервере, хотя в общем было занято около 15 Gb из 48. Но нет, это не проблема с инодами, просто пользователя переносили импортом и при данной операции были скопированы все лимиты пользователя. А вот модуль «Дисковые квоты» не был установлен. Поэтому для решения проблемы переходим:

Настройки — Возможности — Дисковые квоты — Установить

После этого появится пункт при редактировании пользователя «Диск (MiB)» и можно будет спокойно расширить лимит