Для Windows добавляем в zabbix_agent.conf или отдельный конфиг-файл:

UserParameter=ntp.client.offset,powershell.exe -command "$timeoffset = &w32tm /stripchart /dataonly /computer:master-time-server.fqdn /samples:1; [float]$timeoffset[3].split(' ')[1].TrimEnd('s').TrimStart('+') * 1000"

Для Linux:

UserParameter=ntp.client.offset,/usr/sbin/ntpq -pn | /usr/bin/awk 'BEGIN { offset=1000 } $1 ~ /\*/ { offset=$9 } END { print offset }'

В параметрах хоста создаем Item с параметрами:
Name: System local time
key: system.localtime[utc]
type: Numeric (float)
units: ms

Тригер

Clock skew too high on {HOST.HOST}

{SERVER:system.localtime[utc].fuzzytime(350)}=0

где 350 — разница в мс

Источник zabbix